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L'ammonium est la dégradation des matières organiques et des protéines végétales présentes dans la nature. Il peut également être excrété du corps humain par l'urine. La détermination de l'ammonium dans les échantillons d'eau est effectuée dans le cadre de tests de qualité. La détection d'ammonium dans des échantillons d'eau, la contamination de l'eau par des matières fécales ou des eaux usées, crée la possibilité de mélanger les déchets animaux.
Afin d'être certain de la contamination des eaux usées dans les eaux, il convient également de l'analyser d'un point de vue bactériologique. Ainsi, s'il n'y a pas de contamination fécale dans les eaux, cela peut être interprété comme la décomposition de matières organiques.
Les bactéries naturellement présentes dans le sol oxydent l'ammonium et convertissent l'ammonium en nitrite (NO2) puis en nitrate (NO3). Étant donné que la présence de nitrite dans l'eau domestique et potable consomme partiellement l'oxygène dans le sang, elle nuit à la santé des personnes, en particulier des bébés. Selon le règlement sur l'eau potable, la quantité de nitrite est limitée à 0,5 mg/lt.