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El amonio es la degradación de materiales orgánicos y proteínas vegetales que se encuentran en la naturaleza. También se puede excretar del cuerpo humano a través de la orina. La determinación de Amonio en muestras de agua se lleva a cabo dentro del alcance de las pruebas de calidad. La detección de Amonio en muestras de agua, la contaminación del agua con heces o aguas residuales, crea la posibilidad de mezclar desechos animales.
Para tener certeza de la contaminación por aguas residuales en las aguas, también se debe analizar desde el punto de vista bacteriológico. Así, si no hay contaminación fecal en las aguas, se puede interpretar como la descomposición de la materia orgánica.
Las bacterias que se encuentran naturalmente en el suelo oxidan el amonio y lo convierten en nitrito (NO2) y luego en nitrato (NO3). Dado que la presencia de nitrito en el agua doméstica y potable consume parcialmente el oxígeno de la sangre, afecta negativamente a la salud de las personas, especialmente a los bebés. Según el Reglamento de Agua Potable, la cantidad de nitrito está limitada a 0,5 mg/lt.