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アンモニウムは、自然界に存在する有機物や植物性タンパク質の分解物です。また、尿を通じて人体から排泄されることもあります。水サンプル中のアンモニウムの測定は、品質試験の範囲内で行われます。水サンプル中のアンモニウムの検出、糞便または下水による水の汚染により、動物の排泄物が混入する可能性が生じます。
水域の下水汚染を確実にするためには、細菌学的観点からも分析する必要があります。したがって、水域に糞便汚染がない場合、有機物の腐敗と解釈できます。
土壌に自然に存在するバクテリアはアンモニウムを酸化し、アンモニウムを亜硝酸塩 (NO2) に変換し、次に硝酸塩 (NO3) に変換します。家庭用水や飲料水に含まれる亜硝酸塩は、血液中の酸素を部分的に消費するため、人々、特に赤ちゃんの健康に悪影響を及ぼします。飲料水規則によると、亜硝酸塩の量は 0.5 mg/lt に制限されています。