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Todos os alimentos estão contaminados com microrganismos em todas as fases, desde a colheita até chegar ao consumidor. Se a carga de microorganismos nos alimentos exceder os limites, a saúde pública está em perigo. Por esse motivo, a carga de microrganismos nos alimentos é um parâmetro que deve ser controlado principalmente em termos de segurança alimentar.
Em geral, na contagem de bactérias aeróbicas; Números bacterianos em grupos psicrofílicos, mesófilos, termofílicos e condições aeróbicas/anaeróbicas são determinados. A análise microbiológica mais comumente realizada é a 'Contagem Total de Colônias Aeróbias Mesófilas'. Com análises como contagem de bactérias aeróbicas, podemos ter uma ideia sobre a qualidade dos alimentos consumidos. Por isso, são realizados processos de análise como a contagem de colônias aeróbicas para se ter informações sobre todas as etapas que o alimento produzido passa até o consumo.
A contagem total de microrganismos aeróbicos é aceita como um dos parâmetros de qualidade. Com a contagem total de microrganismos aeróbios, podem ser obtidas informações sobre as condições de produção, armazenamento e transporte dos alimentos, uso de aditivos e vida de prateleira.