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A contagem de aeróbios mesófilos é basicamente o parâmetro de qualidade e higiene para leite cru e pasteurizado. A detecção de uma grande quantidade de aeróbios mesófilos em uma amostra de leite indica que as condições de produção, armazenamento e transporte não são adequadas.
Os tanques onde o leite é transportado, os sistemas utilizados para transportar o leite usado para a área de produção e a área de armazenamento utilizada no processo até o processo de produção devem ser limpos regularmente de acordo com as regras de higiene e sanidade dos materiais utilizados.
Os processos de limpeza que não são aplicados em empresas de alimentos e a adequação dos materiais de limpeza são importantes e precisam de atenção. Análises microbiológicas como a contagem de Bactérias Aeróbias Mesófilas também podem fornecer informações sobre a limpeza das áreas de produção.