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L'ammonio è la degradazione dei materiali organici e delle proteine vegetali presenti in natura. Può anche essere espulso dal corpo umano attraverso l'urina. La determinazione dell'ammonio nei campioni di acqua viene effettuata nell'ambito dei test di qualità. Il rilevamento di ammonio nei campioni d'acqua, la contaminazione dell'acqua con feci o acque reflue, crea la possibilità di mescolare rifiuti animali.
Per essere certi della contaminazione dei liquami nelle acque, dovrebbe essere analizzata anche dal punto di vista batteriologico. Pertanto, se non c'è contaminazione fecale nelle acque, può essere interpretata come il decadimento dei materiali organici.
I batteri che si trovano naturalmente nel terreno ossidano l'ammonio e lo convertono in nitrito (NO2) e quindi in nitrato (NO3). Poiché la presenza di nitriti nell'acqua domestica e potabile consuma parzialmente l'ossigeno nel sangue, influisce negativamente sulla salute delle persone, in particolare dei bambini. Secondo il regolamento sull'acqua potabile, la quantità di nitriti è limitata a 0,5 mg/lt.