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Il conteggio degli aerobi mesofili è fondamentalmente il parametro di qualità e igiene del latte crudo e pastorizzato. Il rilevamento di un'elevata quantità di aerobi mesofili in un campione di latte indica che le condizioni di produzione, conservazione e trasporto non sono idonee.
I serbatoi dove viene trasportato il latte, gli impianti utilizzati per trasportare il latte esausto alla zona di produzione e la zona di stoccaggio utilizzata nel processo fino al processo produttivo devono essere puliti regolarmente nel rispetto delle norme igienico-sanitarie dei materiali utilizzati.
I processi di pulizia che non vengono applicati nelle aziende alimentari e l'adeguatezza dei materiali per la pulizia sono importanti e richiedono attenzione. Le analisi microbiologiche come il conteggio dei batteri aerobici mesofili possono anche fornire informazioni sulla pulizia delle aree di produzione.